Trong game người chơi sẽ điều khiển một quốc gia duy nhất trải qua nhiều thế kỷ, quản lý nền kinh tế, quân sự, liên minh chính trị, phát triển khoa học, thăm dò và thực dân hóa, tôn giáo, và sự ổn định nội bộ. Ngoài ra, các sự kiện hàng năm ngẫu nhiên, cũng như hàng trăm sắc lệnh dựa trên các ghi chép lịch sử, làm cho lối chơi trở nên thách thức và đa dạng hơn.

Europa Universalis II khác với nhiều trò chơi chiến thuật theo lượt tương tự về thời gian chạy liên tục trong quá trình chơi, chứ không phải diễn ra lần lượt rời rạc. Người chơi có thể tạm dừng các hành động để suy nghĩ về tình hình và ra lệnh, sau đó tăng tốc độ hoặc làm chậm thời gian để cho các sự kiện diễn ra theo chiều hướng của họ.

Các con tàu của trò chơi với một số kịch bản lịch sử, gồm cả diễn ra trong thời đại Khám phá, cuộc Cách mạng Mỹ và chiến tranh thời Napoléon. Trong phần Đại Chiến dịch (Grand Campaign) cho phép người chơi chọn một cường quốc thế giới và dẫn dắt nó từ cuối thời Trung Cổ cho đến tận thế kỷ 19. Ngoài ra còn có phần kịch bản huyền ảo (Fantasy Scenario) bắt đầu từ một vùng đất trống và chưa được khám phá chỉ với 8 nền văn minh được chọn. Trong kịch bản này, lối chơi và chiến lược bình thường cần được áp dụng có hơi khác nhau, trông giống như một game 4X với sự nhấn mạnh vào thuộc địa hóa.

Với phần chơi Đại Chiến dịch chủ yếu là hướng về các cường quốc châu Âu lớn trong thời đại, chẳng hạn như Áo, Anh, Pháp, Nga, Ba Lan, Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Thụy Điển và Đế quốc Ottoman, điểm độc đáo của game ở chỗ người chơi có thể chọn để chơi một trong hàng trăm nước ít người biết đến là các quốc gia không còn tồn tại, từ tiểu lục địa Ấn Độ đến khu vực Balkan.